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varionostic steigert Qualität und Effizienz

DNA-Methylierungsanalysen sind das Hauptarbeitsgebiet der Forschungsgruppe für Epigenetik am Biozentrum der Ludwig-Maximilian Universität München. Die Untersuchungen konzentrieren sich auf eine Vielzahl unterschiedlicher genomischer Regionen in diversen Zelllinien. Durch den Vergleich normaler und genetisch manipulierter Zellen sollen grundlegende Mechanismen der Genomregulation in Entwicklung und in pathogenen Prozessen aufgedeckt werden. Qualität steht hier hoch im Kurs. Die Vielzahl der notwendigen Analysen machen zugleich effizientes Arbeiten unabdingbar.

 

Der Spagat zwischen Qualität und Effizienz war in der Vergangenheit das Kernproblem. Die ursprünglich von der Forschungsgruppe verwendeten COBRA Assays und die klassische Bisulfit-Sequenzierung konnte den hohen Ansprüchen nicht genügen: COBRA Assays liefern meist nur eine Aussage über die Methylierung eines einzelnen CpG´s innerhalb der durch PCR amplifizierten Sequenz. Mit Hilfe der klassischen Bisulfit-Sequenzierung war es zwar möglich mehrere CpG´s innerhalb einer Sequenz zu betrachten. Der Arbeitsaufwand und die damit verbundenen Kosten waren jedoch sehr hoch.

 

Mit der Pyrosequenzierung bot sich der Arbeitsgruppe eine hervorragende Alternative. Denn mit Hilfe einer einzigen PCR-Reaktion können die notwendigen quantitativen Aussagen über jede CpG-Stelle innerhalb der Sequenz getroffen werden. Da ein eigener Pyrosequenzierer nicht angeschafft werden konnte, griffen die Wissenschaftler im Frühjahr 2007 erstmals auf den Service von Varionostic zurück. Dabei übernahm die Forschungsgruppe die vorbereitende Bisulfit Behandlung und die PCR-Reaktion, bevor die Proben an Varionostic geschickt wurden.

 

Hochzufrieden mit dem Service und den Ergebnissen, setzt die Arbeitsgruppe die Zusammenarbeit bis heute fort. Selbst bei schwierigen Sequenzen konnten in der Zusammenarbeit sehr gute Ergebnisse generiert werden. „Dank Varionostic konnten wir unseren Arbeitsaufwand minimieren, dabei gleichzeitig hohe Kosten sparen und umfangreichere Ergebnisse erzielen,“ so eine Mitarbeiterin der Forschungsgruppe.